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由于液相色谱仪器柱效是柱内流动相线性流速的函数，因此使用不同的流速可以获得不同的柱效。为了追求给定色谱柱的最佳效率，最好使用最佳流速。对于内径为4.6mm的色谱柱，流速一般为1ml/min。对于内径为4.0mm的色谱柱，流速优选为0.8ml/min。
选择最佳流速时，可以延长分析时间。液相色谱仪器厂家可以采用改变色谱柱流动相洗涤强度的方法来缩短分析时间。例如，使用反相柱时，可适当增加甲醇或乙腈的含量。
A.由于甲醇价格便宜，反相柱推荐使用甲醇系统（必须使用乙腈时除外）：相柱。
B.推荐使用沸程为30-60℃的石油醚或纯化的己烷作为正相柱的流动相。不应使用未纯化的己烷。水最好使用超纯水（电阻率大于 18 兆欧）。去离子水和双蒸水含有酚类杂质，可能会影响分析结果。
C.水性液相色谱柱的流动相应在实验前准备好，特别是在夏季，使用缓冲溶液作为流动相时，不要隔夜使用。最好加入叠氮化钠以防止细菌生长。
D.色谱柱流动相需用0.45 μm滤膜过滤，去除颗粒杂质。
E.使用 HPLC 级溶剂制备流动相。使用合适的流动相可以延长色谱柱的使用寿命，提高色谱柱的性能。
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